Μονή Αγίας Ζώνης: Χτισμένη το 1695. Βρίσκεται στην κοιλάδα της Βλαμαρής, έχει τοιχογραφίες του 17ου αιώνα, ξυλόγλυπτο τέμπλο και αξιόλογη βιβλιοθήκη με πατριαρχικά έγραφα και πολύτιμα σκεύη.
Μονή Ζωοδόχου Πηγής: Χτίστηκε στα μέσα του 18ου αιώνα, σε υψόμετρο περίπου 400 μέτρων με πανοραμική θέα στα μικρασιατικά παράλια. Στο εσωτερικό της ο επισκέπτης μπορεί να δει το αξιοθαύμαστο ξυλόγλυπτο τέμπλο ενώ οι μαρμάρινες κολώνες προέρχονται από αρχαίο ιερό της Μιλήτου.
Μονή Παναγίας Σπηλιανής: Βρίσκεται στο λόφο πάνω από το Πυθαγόρειο. Σε σπήλαιο που αποτελούσε τόπο λατρείας από την αρχαιότητα είναι χτισμένο το ομώνυμο εκκλησάκι όπου ρέει αγίασμα.
Μονή Τιμίου Σταυρού: Κοντά στους Μαυρατζαίους. Εκκλησία του 17ου αιώνα σε ρυθμό τρίκλιτης βασιλικής με τρούλο. Εκεί φυλάσσεται επίχρυσος ξυλόγλυπτος άμβωνας και εντυπωσιακός δεσποτικός θρόνος.
Μονή Μεγάλης Παναγιάς: Κοντά στους Κουμαραδαίους, με υπέροχες τοιχογραφίες του 16ου αιώνα και επιχρυσωμένο ξυλόγλυπτο δεσποτικό θρόνο, άμβωνα και τέμπλο του 18ου αιώνα.
Μονή Παναγιάς Βροντιανής: Στους Βουρλιώτες. Είναι το παλαιότερο μοναστήρι του νησιού (1566) με εκκλησία σε ρυθμό μονόκλιτης βασιλικής με τρούλο. Στο εσωτερικό του διασώζονται επίχρυσο, ξυλόγλυπτο τέμπλο, επιβλητικός ξυλόγλυπτος θρόνος και χαρακτηριστικές τοιχογραφίες.
Παναγία Σαραντασκαλιώτισσα: Απομακρυσμένο εξωκκλήσι στη νοτιοανατολική πλευρά του Κέρκη. Κτισμένο σε σπήλαιο και υψόμετρο 320 μέτρων με ανάβαση σε απότομο βράχο.
Μονή Ζωοδόχου Πηγής Κακοπέρατου: Σε ερημική χαράδρα και υψόμετρο 600 μέτρων κοντά στο χωριό Κοσμαδαίοι.
Η Παναγία Μακρινή: Είναι απομακρυσμένο εξωκκλήσι κτισμένο σε σπήλαιο πάνω από το χωριό Καλλιθέα. Παλαιότερα, στα σπήλαια της κατάφυτης περιοχής έβρισκαν καταφύγιο ασκητές.
Η Μεταμόρφωση: Στο Ποτάμι Καρλοβάσου, γνωστή και ως «Παναγία του Ποταμιού». Ανήκει στον τύπο του σταυροειδούς εγγεγραμμένου απλού τετρακιόνιου ναού. Οι μαρμάρινοι κίονες που στηρίζουν τον τρούλο προέρχονται πιθανότατα από κάποιο αρχαίο μνημείο. Στην κατασκευή διακρίνονται τρεις φάσεις: η βυζαντινή, η γενουάτικη και η νεότερη.
