ΑΡΧΑΙΟΛΟΓΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΣΑΜΟΥ: Βρίσκεται στην πόλη της Σάμου και τα ευρήματά του στεγάζονται σε δύο κτίρια. Το παλαιό μουσείο, σε εξαιρετικό νεοκλασικό κτίριο του 1912, περιέχει συλλογές από πολλές περιόδους και ενδιαφέροντα εκθέματα όπως γλυπτά, κεραμικά, χάλκινα, ελεφαντοστέινα, ξύλινα, μικροτεχνήματα και κοσμήματα. Το νέο μουσείο που εγκαινιάσθηκε το 1987 στεγάζει τη συλλογή της αρχαϊκής γλυπτικής. Το πλέον γνωστό έκθεμα του μουσείου είναι ο επιβλητικός Κούρος της Σάμου, με ύψος 5,25 μ. ο οποίος θεωρείται ως ο μεγαλύτερος σωζόμενος στην Ελλάδα.
ΑΡΧΑΙΟΛΟΓΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΠΥΘΑΓΟΡΕΙΟΥ: Περιλαμβάνει πλούσια συλλογή με αίγαγρους και γρύπες, ιωνικές και σαμιακές κύλικες, υδρίες, νομίσματα, εντυπωσιακούς κούρους και πολλά ευρήματα της νεκρόπολης από τέσσερις διαφορετικές εποχές. Επιβλητικά αγάλματα, με το ασπρόμαυρο άγαλμα της Ιφιγένειας να ξεχωρίζει αλλά και ρεαλιστικές προτομές Ρωμαίων αυτοκρατόρων, είναι ορισμένα από τα εκθέματα που ξεχωρίζουν.
ΜΟΥΣΕΙΟ ΦΥΣΙΚΗΣ ΙΣΤΟΡΙΑΣ: Περιλαμβάνει τμήματα Ζωολογίας, Ορυκτών και Πετρωμάτων, Θαλάσσιας Ζωής και Βοτανολογίας, Παλαιοντολογίας. Ξεχωριστά εκθέματα αποτελούν τα απολιθωμένα οστά ζώων που βρέθηκαν στο νησί, με πιο γνωστό, το περίφημο, Σαμοθήριο, ένα μικρό αιλουροειδές που πέρασε στη Σάμο από τα Μικρασιατικά παράλια, πριν από περίπου 150 χρόνια και εκτίθεται ταριχευμένο αφού αποτέλεσε πηγή έμπνευσης για το παγκοσμίως γνωστό βιβλίο της συγγραφέως Άλκης Ζέη «Το Καπλάνι της βιτρίνας».
ΜΟΥΣΕΙΟ ΣΑΜΙΑΚΟΥ ΟΙΝΟΥ: Δίπλα στο σύγχρονο οινοποιείο της Ένωσης Οινοποιητικών Συνεταιρισμών Σάμου, παρουσιάζεται η ιστορία του σαμιακού οίνου. Ανάμεσα στα εκθέματα υπάρχουν παλιά και παραδοσιακά εργαλεία οινοποιίας και κατασκευής βαρελιών, συλλεκτικές φιάλες και βραβεία των διάσημων κρασιών. Οι επισκέπτες σε έναν ιδιαίτερο και επιβλητικό χώρο έχουν την δυνατότητα να δοκιμάσουν όλα τα σαμιώτικα κρασιά.
ΛΑΟΓΡΑΦΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ του Πνευματικού Ιδρύματος «Ν. Δημητρίου»: Περιλαμβάνονται αυθεντικά αντικείμενα καθημερινής χρήσης όπως, σκεύη, εργόχειρα, υφαντά, ενδυμασίες και κοσμήματα καθώς και εργαλεία παραδοσιακών επαγγελμάτων, όπως του κουρέα, του τσαγκάρη, του ψαρά, του καλαθοποιού, του μελισσοκόμου, του γεωργού.
ΛΑΟΓΡΑΦΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΚΑΡΛΟΒΑΣΟΥ: Περιλαμβάνονται σημαντικά στοιχεία παράδοσης και λαϊκής τέχνης της περιόδου 1870 – 1955 με περίτεχνα εκθέματα, όπως πορσελάνες, σκαλιστοί καθρέπτες, είδη αργυροχρυσοχοΐας και παλαιά έπιπλα.
ΛΑΟΓΡΑΦΙΚΟ ΜΟΥΣΕΙΟ ΠΑΓΩΝΔΑ: Αναπαριστά εξ ολοκλήρου μία παραδοσιακή σαμιώτικη κατοικία, με έπιπλα και σκεύη, σε πέντε όμορφα διαμορφωμένα δωμάτια, την κρεβατοκάμαρα, τη σαλοτραπεζαρία, την κουζίνα, την αίθουσα αργαλειού και το «κατώι».